我駐大阪辦事處福岡分處4日晚間舉行國慶酒會，會場公布聲稱是日本首相安倍晉三以及副相麻生太郎的國慶賀電，賀電以「中華民國」稱呼台灣，讓國人一度喜出望外，以為日本不顧中國壓力，竟然首相、副首相不只都致賀電，還使用中華民國國號，對日外交的工作實在大有進展。不料，前天日本官房副長官岡田直樹公開否認有發此賀電，盡管尷尬，福岡辦事處也得唾面自乾，發出新聞稿表示，賀電不是出自首相府。不知是地理位置日本太近，還是蔡政府太愛日本，關於日本出的紕漏可不只這件。
海洋對話沒共識 捕魚權還是一場空
2016年4月，屏東琉球籍漁船東聖吉十六號在沖之鳥附近公海進行捕魚作業，遭日本公務船扣押，日方依違反日本國內法進入日本經濟水域作業為由，要求支付170萬元台幣，引發我國漁民強烈不滿，前後發動多次抗議，要求民進黨政府力爭漁權。
但在雙方談判漁權的「台日海洋事務合作對話」會議上，卻無實質進展。我方代表團主張，我國漁船有權在沖之鳥海域作業，並抗議日方扣捕我東聖吉十六號等漁船，盼索回日方沒收的保釋金，日方則重申，擁有沖之鳥專屬經濟海域立場，雙方對沖之鳥爭議，淪為各說各話。
曾多次參與國家海洋事務談判的台師大政治系教授王冠雄表示，台日海洋對話沒有共識，很明顯就是雙方政府行禮如儀、照本宣科表述各自立場，「政府會談前沒有先跟漁民溝通，只是要與日本談過，能交差就好，但漁民的意見才是談判者堅強的後盾與談判籌碼，若沒掌握，是很傻、很吃虧的。」
謝長廷po福島菜賣光照 引起核食公投
2016年底，日本核災縣市食品解禁輸台與否引發國內討論。駐日代表謝長廷於該年11月16日在臉書貼出一張照片，展示日本超市中福島花椰菜快賣光。並表示「日本人不敢吃」、「日本市場不能賣」都不是事實。
謝長廷說，日本人對自己的健康比台灣更重視，管理也更嚴格，不可能有檢驗不合格的危險的食物，還能在超市販售。而蔡政府也以實際政策呼應謝長廷說法，提出對於「日本輻射食品進口」擬採兩階段開放，初期仍禁止福島地區食品來台，但群馬、櫪木、茨城、千葉四縣先開放，能看出蔡政府擬讓核災食品逐步解禁的跡象。
但此舉在台灣社會並未獲得廣泛認同，反而逼出了「反核食」公投，禁止開放福島核災農產品及食品進口，最終公投結果也以779萬票的高票通過；對此結果，日本政府除了表示「遺憾」，也宣稱不排除向世貿組織提告，要訴諸爭端解決機制，這項發展，為兩國關係掀起了一陣波瀾。
總務副大臣訪台 台日關係還是小有突破
盡管對日關係狀況百出，但台日關係還是小有突破，2017年3月25日，時任日本總務副大臣赤間二郎出席日本台灣交流協會在台北市舉辦的「多彩日本」開幕儀式，介紹日本各地區魅力活動。他在致詞時表示，「日本和台灣是擁有緊密關係的卓越夥伴」。
赤間訪台是自1972年日本和台灣斷交以來，首度有副大臣等級官員以「官方」身分訪台，此舉在日本也廣泛報導，不少觀點認為，赤間訪台顯示安倍晉三政權重視台灣的具體表現，日本正在將台日官員高階官員互訪形成新常態。但此舉引發中國大陸強烈反彈，時任亞東關係協會會長邱義仁也表示，「這一趟走得不輕鬆也不容易」。
東半球28號遭日本取締追趕 謝長廷幫日說話
但日本說翻臉就翻臉，2018年3月，蘇澳籍漁船「東半球28號」行經北緯27度以北，以及八重山群島以南的台日重疊水域時，遭日本執法船艦取締。對此，漁業署起初稱，東半球28號僅是無害通過與那國島北側以西海域，並未作業，質疑日方取締無理。
不料，駐日代表謝長廷卻表示，日方有拿出照片證據、「上面有兩隻魚」，所以我方應停止抗議。謝長廷比較兩國漁民聲稱，日本漁民通常在協調海域內作業，但我國漁民比較「活潑」，天下四海為家，所以「都去」；因此建議漁民要先跟我們政府通報，「你這樣神出鬼沒，我們真的沒有辦法」。
此一比喻隨即引發漁民反彈。當時的宜蘭縣蘇澳區漁會理事長蔡源龍表示，無法接受謝長廷的說法，強調我漁民在不知情的情況下踩線，政府應該硬起來堅守立場，而非胳膊向外彎，「政府如果委曲求全，受害的還是漁民」。
藤井實彥作勢踹慰安婦像 謝長廷幫緩頰
2018年9月，日本「慰安婦之真相國民運動組織」幹事藤井實彥日前來台南，出腳作勢踹慰安婦銅像，引起台灣民眾公憤。該組織的代表加瀬英明於9月12日發表聲明表示，針對該組織的幹事藤井實彥對銅像做出的污辱行為致歉，並宣布藤井已請辭負責。
不料，駐日代表謝長廷對此表示，藤井的行為不等於日本人及日本政府，許多日本人也對藤井的行為表達不滿，將此事無限上綱為政治事件，對台日關係並無幫助。
此說法一出，立刻引起台南市議員謝龍介痛批，謝長廷立場和日本駐台代表沼田幹夫相同，根本是「助日代表」而非駐日代表。謝長廷則回應，他是捍衛台灣利益立場出發，沼田則是從日本利益出發，但兩人都不希望台日友好關係受到破壞。
逼死蘇啟誠 謝長廷只罵中國接人假消息
2018年9月，日本關西國際機場遭強颱燕子重創後關閉，數千名旅客受困，當時網路上盛傳中國領事館派車到機場接中國旅客，而台灣方面盡管有6、7百位國人受困，卻無動作。後來證實是中國領事館商借機場的車子接送，並非自己派車，但卻因此導致輿論指責，間接造成了駐大阪處長蘇啓誠在事實未明情況下被檢討，進而導致其自殺，以死明志的悲劇。
面對外界質疑，駐日代表謝長廷只不斷跳針地只對「中國接人是假消息」部分回應，還說是假消息造成蘇啓誠走上絕路。不過蘇啟誠遺孀發出的聲明中卻強調，丈夫並非死於假新聞的壓力，而是在完成上級交代的檢討報告書後，開會的前一天，表明不想遭到羞辱的遺言後，以死明志。監察院調查報告中也指出，謝長廷「非不能也，實不為也」，打臉了謝將責任全推給假訊息的說法。
吳釗燮稱沼田幹夫「大哥」 台日真的麻吉？
日前日本台灣交流協會台北事務所代表沼田幹夫即將離任，外交部長吳釗燮特別頒贈「特種外交獎章」，且為表彰對促進台日關係的卓著貢獻，吳釗燮也致贈紀念牌，但是上面竟稱呼沼田幹夫為「我最敬愛的大哥哥」，遭外界批肉麻的媚日行徑。前外交官介文汲痛批，此作法是恥辱，將台灣自己降格成日本的小弟，不但羞辱了國家及人民，也侮辱在世界各個角落奮鬥的外交部同仁。
外交部則澄清，吳釗燮與沼田代表私下有很好友誼，情如手足，沼田代表較部長年長，因此私下均以「哥哥」相稱，以示親切友好。
台日關係這幾年雖有突破性的高階官員訪台，更多的卻是官員荒腔走板的表現與行為，讓人看了只能嘆息，最後到了自甘當小弟的地步。如何不卑不亢地推動對日外交，考驗蔡政府的外交手腕與執政能力。